Khu bảo tồn được thành lập vào năm 1999.[2] Đến năm 2007, khu được được cải tạo và phát triển du lịch đa dạng hơn.[9] Từ khoảng đầu năm 2012, người dân bắt đầu khai thác tràm ở vùng đệm để bán và đốt rừng tràm làm đất trồng khóm, do vùng đệm là đất của dân nên chính quyền địa phương đã lập dự án mua lại đất của dân, trồng lại tràm để khôi phục vùng đệm, nhằm bảo vệ cho diện tích nguyên sinh ít ỏi chỉ khoảng 100 ha.[10]

Ban đầu, toàn khu bảo tồn có diện tích 1.280 ha, Trại giam Phước Hòa (nằm ở phía tây) quản lý 800 ha, UBND huyện Tân Phước quản lý 480 ha.[8] Năm 2017, Chủ tịch UBND tỉnh Tiền Giang Lê Văn Hưởng thống nhất với đề xuất của huyện Tân Phước về mở rộng Khu bảo tồn sinh thái Đồng Tháp Mười.[11] Dự án được thông qua, sau đó tiến hành bồi thường, hỗ trợ và tái định cư cho người dân, đất đai mua lại 244 ha, tổng vốn 275,6 tỷ VND, phân làm 2 giai đoạn. Theo kế hoạch thì Giai đoạn I, diện tích thu hồi khoảng 120 ha, tổng vốn 143,2 tỷ VND, phía Bắc khu bảo tồn khoảng 66 ha, phía Nam khu bảo tồn khoảng 54 ha. Giai đoạn II, với diện tích thu hồi khoảng 124 ha, khu vực phía Đông kênh Tây, với tổng vốn đầu tư khoảng 132,4 tỷ VND.[8] Đây là lần mở rộng đầu tiên.

Hiện tại khu bảo tồn vẫn đang được khai thác du lịch[1][3] là điểm tham quan, nghỉ dưỡng, vui chơi và giải trí.[9]